Во первых:

Кто-нибудь, когда-нибудь сел?

Во вторых:

Два типа репозиториев - это вполне норма для корпораций:
один публичный;
другой непубличный;
В публичном удаляется то, что нужно удалить по закону.

В третьих:

Релизы бывают сравнительно редко и до их выхода история должна быть переработана так, что бы рецензенты могли легко понять изменения. Ничего лишнего. Ни одного патча исправляющего ошибку в предыдущем патче.

И вот такая история должна храниться.

Можно и дальше делать вид, что идеология требует неизменяемой истории. А можно признать, что на этапе проектирования была допущена ошибка в выборе системы хранения, не позволяющая реализовать нужный функционал.