NTFS просто старенькая и глючная, слишком много напихали поэтому регулярно находятся 1000 способов её развалить. Адово фрагментируется и деградирует, плоховато скалируется, например, видно, когда используешь какой-нибудь msys2 и линуксовый софт в нём, эта куча мелких файлов весьма плохо работает по сравнению с линуксом. Да и вообще адок с вендософтом тоже, особенно, как туда моно с метро запихали. Отключаешь суперфетч и наслаждаешься. Поэтому, файлы приложения должны быть упакованы в большие архивы и подгружаться стримингом ресурсов, а не лежать на диске. Но, в целом, использовать можно, просто не серверная ФС. А игрушечная ФС, это у Эпла. SSD конечно многие проблемы нивелирует в значительной мере.