FDE:
1. не обеспечивает контроль целостности (но тут на помощь приходит сама бтрфс, если она поверх FDE)
2. из-за специфического принципа шифрования (например в XTS, который корректнее называть XEX) злоумышленник может узнавать, какие именно места (с точностью до размера блока шифра, 16 байт) перезаписывал юзер. И потом делать выводы например о том, какая у юзера ФС и что за данные у него могли быть, какие изменения он вносил.

В случае файлового (ну точнее экстентного, как пилят в бтрфс) шифрования каждый экстент оказывается зашифрованным независимо, и изменение даже 1 байта приводит во1 к генерации нового экстента (принцип CoW, заложенный в бтрфс), во2 полностью независимый IV для шифрования (т.е. уже трудней установить чокуда там юзер в файлах менял). Но зато сама структура ФС на диске нифига не зашифрованная.
Ну и опять же для случая бтрфс, каждый зашифрованный экстент оказывается защищённым от изменения при помощи MAC, который заменяет собой чексум (уже имеющийся в бтрфс).