> Вот 3 примера хорошей организации и удобной системы комментариев по моему мнению.

На тех форумах есть существенное отличие - использовние аватара, как визуального якоря. На opennet аватары не обязательны, поэтому для разделения используется заголовок. Кнопки ("ответить" и т.п.) вынесены в заголвок чтобы не тратить вертикальное экранное пространство. Кнопку "к модератору" прятать смысла нет, её, если она не бросается в глаза, тогда перестанут замечать и  использовать.

Из того как без радикальной переработки можно улучшить оформление комментариев под новостями сейчас приходит в голову только уменьшение интенсивности ссылок, чтобы они не отсвечивали так синим цветом. Ещё можно еле заметной полоской выделить текст ответа слева, как сделало для сообщений первого уровня, раньше так и было, но потом я убрал, так как показалось излишним.
Предлагайте свои варинты.

> Да, именно высота. Имелось ввиду заполнение 100% высоты экрана, чтобы футер всегда
> был в низу страницы.

Убрал пустые строки внизу за футером. Над адаптивным сдвигом, чтобы футер всегда был только внизу, подумаю как можно сделать - на сайте большой разнобой в верстке, боюсь можно что-то сильно поломать и не заметить. Поэтому наверно стоит отдельно прижать футер только на каких-то выборочных коротких страницах, типа написания комментария и авторизации.