В кодовую базу FreeBSD-CURRENT, на основе которой формируется ветка FreeBSD 16, принято изменение, удаляющее из базовой системы последние остававшиеся компоненты, распространяемые под лицензией GPL - утилиты diff3 и dialog. Программа diff3 заменена на аналог от проекта OpenBSD, распространяемый под лицензией BSD, а для замены dialog специально для FreeBSD была разработана утилита bsddialog. Инсталлятор был переведён на bsddialog четыре года назад и последней программой, завязанной на GNU dialog, оставалась утилита dpv, которая была объявлена устаревшей более двух лет назад, а теперь удалена вместе с GNU dialog. Релиз FreeBSD 16, намеченный на декабрь 2027 года, будет полностью избавлен от кода под лицензией GPL.

Основным мотивом избавления FreeBSD от проектов под лицензиями GPL является переход утилит GNU на лицензию GPLv3, которая была признана неприемлемой для базовых компонентов FreeBSD. Разработчики FreeBSD были вынуждены оставаться на устаревших версиях утилит GNU, выпущенных до перехода на GPLv3. В 2012 году во FreeBSD утилита GNU patch была заменена на вариант утилиты patch, поставляемый под лицензией BSD и основанный на наработках проекта DragonFly BSD. В последующие годы из системы был удалён отладчик gdb (заменён на lldb). Утилита GNU grep была заменена на bsdgrep, вместо компилятора GCC был задействован Clang, а утилиты binutils заменены на аналоги от проекта LLVM. Заменена утилита dtc (Device Tree Compiler), удалены процесс автоматического монтирования amd (задействован autofs) и утилита ctm.