С целью избавления системы от программ с suid-битом, можно использовать следующую инструкцию.
Для привязки capabilities к исполняемому файлу используется утилита setcap из пакета libcap2-bin:

   sudo apt-get install libcap2-bin

Для формирования списка setuid-root и setgid-root программ можно использовать следующие команды:

   find /bin /sbin /lib /usr/bin /usr/sbin /usr/lib -perm /4000 -user root
   find /bin /sbin /lib /usr/bin /usr/sbin /usr/lib -perm /2000 -group root

Команды для замены setuid/setgid для базовых пакетов:

coreutils

   chmod u-s /bin/su
   setсap cap_setgid,cap_setuid+ep /bin/su

dcron

   chmod u-s /usr/bin/crontab
   setcap cap_dac_override,cap_setgid+ep /usr/bin/crontab

inetutils

   chmod u-s /usr/bin/rsh
   setcap cap_net_bind_service+ep /usr/bin/rsh

   chmod u-s /usr/bin/rcp
   setcap cap_net_bind_service+ep /usr/bin/rcp

   chmod u-s /usr/bin/rlogin
   setcap cap_net_bind_service+ep /usr/bin/rlogin

iputils

   chmod u-s /bin/ping
   setcap cap_net_raw+ep /bin/ping

   chmod u-s /bin/ping6
   setcap cap_net_raw+ep /bin/ping6

   chmod u-s /bin/traceroute
   setcap cap_net_raw+ep /bin/traceroute

   chmod u-s /bin/traceroute6
   setcap cap_net_raw+ep /bin/traceroute6

pam

   chmod u-s /sbin/unix_chkpwd
   setcap cap_dac_read_search+ep /sbin/unix_chkpwd

shadow

   chmod u-s /usr/bin/chage
   setcap cap_dac_read_search+ep /usr/bin/chage

   chmod u-s /usr/bin/chfn
   setcap cap_chown,cap_setuid+ep /usr/bin/chfn

   chmod u-s /usr/bin/chsh
   setcap cap_chown,cap_setuid+ep /usr/bin/chsh

   chmod u-s /usr/bin/expiry
   setcap cap_dac_override,cap_setgid+ep /usr/bin/expiry

   chmod u-s /usr/bin/gpasswd
   setcap cap_chown,cap_dac_override,cap_setuid+ep /usr/bin/gpasswd

   chmod u-s /usr/bin/newgrp
   setcap cap_dac_override,cap_setgid+ep /usr/bin/newgrp

   chmod u-s /usr/bin/passwd
   setcap cap_chown,cap_dac_override,cap_fowner+ep /usr/bin/passwd

xorg-xserver

   chmod u-s /usr/bin/Xorg
   setcap cap_chown,cap_dac_override,cap_sys_rawio,cap_sys_admin+ep /usr/bin/Xorg


screen - обязательно требует setuid для выполнения определенных проверок

util-linux-ng - не рекомендуется использовать данный пакет с capabilities, так
как в реализации команд mount и umount присутствуют определенные проверки,
которые действуют только с setuid и пропускаются с  capabilities, что дает
возможность пользователям монтировать файловые системы к которым они не имеют доступа.
Подробнее об опасностях, которые сулит перевод программы с setuid на
capabilities без проведения аудита кода, можно прочитать здесь.