Пакеты не конфликтуют с имеющимися из основной
системы, т.е. это фактически параллельная система пакетов.
В этом есть как минусы, так и плюсы. Минусы:
"тяжелые" пакеты занимают много места на диске,
и могут потребовать доп. настроек, например, fontconfig;
естественно возникают доп. расходы
на слежение за дырами в безопасности,
если что-то куда торчит, другая "не родная"
система управления пакетами.
Плюсы -- можно иметь в системе хоть 10 вариантов одной
и той же софтины разных версий; можно ставиться не от рута,
а от обычного пользователя к себе в дом, к примеру ~/pkg;
простой механизм пакетирования, проще, чем .spec-и
и debian/rules-ы.

Но главное -- pkgsrc работает
подо все дистрибутивы Линукса, BSD, Solaris-а и прочие QNX-ы.
У меня она прекрасно работает под NetBSD, CentOS и Debian.
Под Солярис не так прекрасно, многие пакеты не строятся,
но тем не менее.

Хотя, этот вариант более для разработчика или опытного админа,
чем для "домашнего пользователя".