> для native библиотеки в жав-приложении надо делать множество "инстансов" - запускать библиотечный
> код в наборе контекстов.
> Поясню что происходит: библиотека эмулирует некий объект. Жава-приложение хочет работать
> с мнодеством независимых одинаковых объектов.
> В настоящее время для переключения контекста тупо из внешнего буфера облавсть данных
> библиотеки копируется  целиком, и обратно сохраняется.
> Есть ли знатоки, знающие как можно создать множество контекстов, и переключать их
> без копирования?
> Насколько я понимаю, в норме разделяемые библиотеки линкуются в контексте приложения. Множество
> раз прилинковать одну библиотеку с разными контекстами в рдно приложение нельзя?

Сделайте класс инкапсулирующий контекст "устройства". В библиотеке переделайте, чтобы её функции принимали этот контекст.

Типо С++.

В библиотеке:
void* InitDevice();
...
void CloseDevice(void *ctx);

В программе:
class Device {
private:
  void *ctx;
public:
  void Init() { this->ctx = InitDevice(); }
  ...
  void Close() { CloseDevice(this->ctx); }
}