это означает, что sqlite не использует nss, по крайней мере при простом запуске, а обращение к библиотекам происходит из-за инициализации частей самой glibc

Вряд ли sqlite вызывает getaddrinfo или что-то подобное. Вообще на мой взгляд пример неудачный, т.к. взаимодействия с чем-либо кроме файлов там вроде нет. /etc/passwd оно конечно прочитало, но я не знаю, есть ли в sqlite функции связанные с пользователями системы