Разные экземпляры процесса(не потоки, а именно процессы) — разные контейнеры. Нужен перезапуск? Или слежение за верным тушением процессов? Да это же работа окрестратора. Их несколько, и любой из них может решить эту проблему корректно. Говорите, есть небольшие накладные расходы в буквально жалкие проценты по системным ресурсам? Так в нормальной архитектуре нужно бюджет на железо немножко поднять, а не извращаться с init внутри контейнера. Это нормальная практика, разве нет? Нет, я конечно понимаю, что из шурупов, отвёртки и хлебушка можно слепить "троллейбус", но зачем? Хлеб  — это хлеб, а контейнер Docker — это контейнер. Нужно вам запускать приложение с кучей обработчиков, и релоадить из средствами init-системы? Так умеет LXC и OpenVZ, но для этого есть вообще-то KVM. Делать же из Docker то, что его архитектура даже не подразумевала(троллейбус из хлебушка) — это как-то не правильно. Баловство какое-то. Да ещё с жалкой попыткой сэкономить три рубля на железе ценой потери удобства от использования нормальной архитектуры с оркестрацией контейнеров.