Так и  я почти о том же, но своими словами.

> У него есть разные комплектации и цены.

Они или дороже, или надо докупить отдельно многое, и все равно будет дороже.
Или использовать простые Raspberry, ради GPIO, и простейших десктопных задач

> иной комп можно и бесплатно на помойке найти

Под помойкой можно понимать и распродажи. :)
Но если речь о компактных изделиях, то все сводится к тем же miniPC.

>> Сопроцессор gpio
> Глючное кривое ненадежное барахло, за отдельные бабки,
> рыб кормить и цветы поливать сыкотно.

Задача для студента. И будет не только дешево и стабильно, но и часть функционала автономно.
Например блокировки и сохранение состояния gpio при сбое питания Вы как реализовали? Как проверку указателей в С++?

> GPIO очень шустрый ... вещицы типа генерации RF сигналов путем махания лапками.

Во первых это не практическое применение, а вид искусства, ибо и сам побалываюсь этим.
А могут подобное очень многие контроллеры.

> ИМХО если нужен именно десктоп - логично брать что-то более мощное, шустрое
> и без тех constraints.
> SD карта стоит копейки, продается в ближайшем ларе

Если какая нибудь вонючая Smartby, то да. А если скоростная то не копейки.
Впрочем и вонючки стоят дороже USB-UART и GPIO-сопроцесора.  

> по usb чем-то минимально важным рулить. Это ничем хорошим не заканчивается.

Это не ваше.

> именно десктоп, именно из этого - все же слегка изврат.

Если задача вывести небольшую информацию и пару кнопок, то хватит и маломощной железки.
А если нужно ПО потяжелее, или 3Д графика(например для станка), то тут или шашечки, или ехать.