> Вообще escapeshellarg, но лучше с самого начала все необходимое с файлами делать
> в пхп. realpath/stat для валидации путей.
> Или наоборот, все делать в шелле, например пайп вида mysql | sed
> | xargs -l sh -c

Ну там на самом деле просто более-менее развесистая логика по обработке данных в БД ип прочее. Конечно можно всё и в shell организовать, но это точно забивание гвоздей микроскопами. Если делать всё в PHP, то есть мнение что будем медленнее существенно работать. А вот логику на PHP с формированием заданий оптимальных для shell и их выполнения на его уровне - это как мне кажется сбалансированный подход.