Как сделать личный Snap Store на своём оборудовании?
Где расположены исходные коды всех частей необходимых для работы с личным Snap репо?

Как работать с корневой файловой системой чужой системы не покидая свою? Установить, настроить апп.

Как сделать преднастройку апп, до первой загрузки устанавливаемой системы, без переупаковки пакета на своей сборочной инфраструктуре?

> Snap обновляет приложения в фоне автоматически каждый день¹, что гарантирует актуальность и безопасность приложений.

Это гарантирует только доставку обновлений (актуальность), но позволяет разработчику не обновлять зависимости (безопасность не гарантирует). Причём отсутвие обновлений не заметно в системе. Пример, устаревшая и слабая SSL не будет замечена (пример из жизни).

> APT автоматически устанавливает зависимости из репозиториев, но это может привести к проблемам совместимости или нарушению целостности системы².

Нет. Не так. Пакеты не принимаются в официальный репозиторий мейнтейнером дистра. Т.е. сначала проходят проверку качества и только потом доступны пользователю для установки. Причём заодно проверку качества прошли и все зависимости. Когда у Снэпа проверки зависимостей могут быть не сделаны, что рекламировалось как полезное свойство.

Из-за чего снижена возможность и польза при равитии своих решений на основе наработок сообщества. Это очень ограничивает творчество. Ограниченное развитие.

А вот каждый может и той и той системой упаковать халтуру? Это - да.

> APT также не обновляет приложения в фоне, а требует ручного запуска команды обновления¹.

Тоже нет. Уже в 2018-м году оно самостоятельно по расписанию устанавливало обновления "из коробки", через несколько секунд после первой загрузки и далее тоже.

Апт ждёт, пока закончит работу предыдущий инстанс. Если запустили паралельно, в фоне.