В статье "Optimization guide for linux web/db servers" приводятся советы по увеличению производительности Linux сервера, используемого для работы MySQL и Apache 2.

Примеры настроек, разбираемых в статье:

Система

/etc/sysctl.conf 
   kernel.sem    = 100 32000 100 100
   kernel.shmmni = 4096
   kernel.shmall = 2097152
   kernel.shmmax = 2147483648
   fs.file-max   = 65536

/etc/fstab
   /dev/hda7 /home ext3 defaults,noatime 1 2

hdparm -X66 -u1 -d1 -m16 -c3 /dev/hda

MySQL
/etc/mysql.conf 
   [mysqld]
      port            = 3306
      socket          = /var/lib/mysql/mysql.sock
      skip-locking
      key_buffer       = 64M
      tmp_table_size   = 32M
      max_allowed_packet = 16M
      max_connections  = 650
      myisam_sort_buffer_size = 64M
      table_cache      = 1500
      join_buffer_size = 1M
      sort_buffer_size = 2M
      read_buffer_size = 1M
      myisam_sort_buffer_size = 64M
      thread_cache_size = 128
      wait_timeout     = 900
      connect_timeout  = 10
      query_cache_limit = 2M
      query_cache_size = 64M
      query_cache_type = 1
      thread_concurrency = 8
   [mysqld_safe]
      open_files_limit = 8192