Я думаю, это может быть связано с тем, что человек, писавший и компилировавший материалы в пдф, не имеет возможности проверить результат. Во-первых, это богомерзкий проприетарный формат с дрм и врождённой дырявостью, и, во-вторых, консольных читалок что-то не видно на горизонте. Отсюда и столько совершенно очевидных косяков, и с ссылками, и с конвертацией. Не ищет лёгких путей, но можно было бы завести отдельный девайс, используемый специально для таких вещей -- излишняя принципиальность только вредит.